عفو بین الملل موارد متعددی را مستند کرده است که مجازات اعدام گویا برای سرکوب فعالیت‌های نمایندگان سیاسی یا فرهنگی ملت های غیر فارس ایران، همچون عرب احوازی، آذربایجانی، بلوچ یا کُرد، به کار رفته است.
در گزاش سالیانه عفو بین الملل آمده است: مقامات ایران پس از ناآرامی‌های سال ۲۰۰۵ در احواز به طور فزاینده نسبت به عرب‌های احوازی مشکوک شده‌اند. در ژانویه ۲۰۱۳، دیوان عالی کشور حکم‌های اعدام پنج تن از اقلیت عرب احوازی را تایید کرد: هادی راشدی، هاشم شعبانی، محمد علی عموری، سید جابر البوشکه و برادرش سید مختار البوشکه.
آن‌ها به همراه سه مرد دیگر در اوایل سال ۲۰۱۱، پیش از ششمین سالگشت اعتراض‌های سال ۲۰۰۵، گویا در ارتباط با سامان دهی فعالیت‌های فرهنگی، دستگیر شده بودند. دادگاه انقلاب آن‌ها را پس از مجرمیت به اتهام‌هایی از جمله «دشمنی با خدا» در سال ۲۰۱۲ به اعدام محکوم کرد.
«اعتراف» هادی راشدی و هاشم شعبانی عموری پیش از محاکمه در یکی از کانال‌های تلویزیون دولتی به نمایش در آمد. در تاریخ ۷ دسامبر ۲۰۱۳، این دو نفر از زندان کارون در مرکز اقلیم احواز به مکانی نامعلوم منتقل شدند. چهار مرد عرب احوازی دیگر، در پی انتقال از زندان کارون به مکانی نامعلوم در تاریخ ۳ نوامبر، در نوامبر یا دسامبر ۲۰۱۳ اعدام شدند.
در ایران، تعداد اعدام‌ها در سال ۲۰۱۳ باز هم افزایش یافت. پس از انتخاب ۱۴ ژوئن حسن روحانی به عنوان ریاست جمهوری تازه، بعضی اقدامات برای بهبود چهره کشور مثل آزادی چندین تن از زندانیان سیاسی از جمله یک زندانی محکوم به اعدام، انجام شد. با وجود این، هیچ نشانه‌ای از تغییر در اجرای مجازات اعدام در ایران در پی انتخاب او در دست نبود.
مقامات ایران یا رسانه‌های زیر کنترل یا تایید دولت به طور رسمی اعدام ۳۶۹ تن (۳۵۸ مرد و ۱۱ زن) را تایید کردند که به نسبت سال ۲۰۱۲ افزایش ۱۸% را نشان می‌دهد. با وجود این، مدارک معتبری از تعداد زیادی اعدام‌های مخفیانه در دست است. منابع قابل اعتماد دست کم ۳۳۵ اعدام دیگر (شامل حداقل ۱۸ زن) را گزارش دادند. این تعداد مجموع اعدام‌ها را در سال ۲۰۱۳ به حداقل ۷۰۴ مورد می‌رساند. گزارش‌ها حاکی است که احتمال دارد حداقل ۱۱ نفر از اعدام شدگان در زمان ارتکاب جرم اتهامی زیر ۱۸ سال سن داشته‌اند. حداقل ۴۴ اعدام در انظار عمومی انجام شد. این کار به طور معمول با استفاده از جرثقیل انجام می‌شود که محکوم را به وسیله حلقه داری به دور گردن او در برابر چشمان تماشاگران بالا می‌کشد. صدور حداقل ۹۱ حکم اعدام تازه گزارش شد، آما تعداد واقعی به طور تقریبا یقین بسیار بیشتر است.
بیشتر اعدام‌ها در سال ۲۰۱۳ در پی محکومیت به خاطر قتل، قاچاق مواد مخدر، تجاوز، جاسوسی و جرایم مبهم محاربه («دشمنی با خدا») و افساد فی الارض («فساد روی زمین») انجام شد. جرم محاربه به طور عمده علیه قیام مسلحانه است، اما در عمل در مواردی اعمال شده که مته‌مان دست به اسلحه نبرده‌اند بلکه متهم به ارتباط با سازمان‌های ممنوع در ایران بوده‌اند.
محدوده مجازات اعدام در ایران هنوز گسترده بود و «جرایم» کبیره‌ای همچون «زنای محصنه»، «ارتداد» و «لواط» را در بر می‌گیرد. این اعمال در موازین بین المللی در میان «مهم‌ترین جرایم» محسوب نمی‌شوند و اصلا نباید جرم تلقی شوند. در ماه مه، رییس جمهور وقت احمدی‌نژاد قانون مجازات اسلامی بازنگری شده را امضا کرد که از جمله سنگسار را برای «جرم» زنای محصنه در بر دارد.
اکثر اعدام شدگان محکومان مواد مخدر بودند که در دادگاه انقلاب اسلامی محاکمه شده بودند. این محاکمه‌ها به طور معمول با موازین بین المللی محاکمه عادلانه فاصله زیادی دارند؛ اغلب در پشت درهای بسته انجام می‌شوند، گاهی فقط چند ساعت یا حتا چند دقیقه طول می‌کشند و قضات آن‌ها از اختیار محدود کردن تماس وکلای مدافع با مته‌مان برخوردار هستند. حق درخواست تجدید نظر معناداری در قانون مبارزه با مواد مخدر وجود ندارد.
دانمارک و ایرلند، به ترتیب در ماه‌های آوریل و نوامبر، حمایت مالی خود از برنامه مبارزه با مواد مخدر در ایران را ـ که زیر مدیریت دفتر مبارزه با جرم و مواد مخدر سازمان ملل است ـ به علت نگرانی از افزایش به کارگیری مجازات اعدام برای جرایم مواد مخدر در سال‌های اخیر پایان دادند.
حکم‌های اعدام به طور معمول پس از روال ناقض موازین محاکمه عادلانه صادر می‌شود. در مرحله پیش از محاکمه، این روال شامل مواردی از این قبیل است: حبس در انزوای کامل، حبس بسیار طولانی‌تر از مدت زمان تعیین شده در قوانین ایران، و گرفتن «اعتراف» از طریق شکنجه و بدرفتاری‌های دیگر که بعضا پیش از انجام محاکمه از تلویزیون پخش می‌شود. ادعای شکنجه به طور کلی مورد رسیدگی قرار نمی‌گیرد. مته‌مان اغلب از امکان داشتن وکیل مدافع به انتخاب خود محروم هستند.
وکلای مدافع می‌گویند پیش از انجام اعدام از آن مطلع نمی‌شوند با وجود اینکه بر اساس الزام حقوقی قوانین ایران آن‌ها باید ۴۸ ساعت پیش از اعدام موکل اطلاع بیابند. خانواده‌های زندانیان اعدام شده همیشه از فرصت دیدار آخر برخوردار نمی‌شوند یا تاریخ اعدام پیش یا پس از انجام آن به اطلاع آن‌ها نمی‌رسد. اغلب تنها نشانه نزدیک شدن اعدام، انتقال زندانی به سلول انفرادی است که عنوان «اتاق انتظار اعدام» دارد. گاهی اوقات، خانواده‌ها پس از اعدام جنازه خویشاوند خود را دریافت نمی‌کنند یا از محل دفن آن‌ها مطلع نمی‌شوند.
در یکی از آخر هفته‌های اواخر ماه اکتبر، مقامات ایران ۲۰ نفر را اعدام کردند. حبیب الله گلپری‌پور، زندانی سیاسی از اقلیت کُرد، در میان آن‌ها بود. او در سال ۲۰۰۹ دستگیر و در محاکمه‌ای ۵ دقیقه‌ای در سال ۲۰۱۰ به خاطر «دشمنی با خدا» (محاربه) از طریق همکاری اتهامی‌اش با یک گروه مسلح غیرقانونی به نام «حزب حیات آزاد کردستان» (پژاک) به اعدام محکوم شد. مسئولان پس از اعدام او از تحویل جنازه‌اش به خانواده او سر باز زدند.
در ماه مارس، گزارشگر ویژه سازمان ملل در مورد ایران از شمارِ اعدام‌ها، به ویژه در نبودِ موازین محاکمه عادلانه، کاربرد مجازات اعدام برای جرایمی که به حدّ «مهم‌ترین جرایم» نمی‌رسند و تداوم به کارگیری اعدام در انظار عمومی ابراز نگرانی کرد. در ماه ژوئن، کمیته اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی سازمان ملل ابراز نگرانی کرد که رابطه جنسی همجنسان جرم است و افراد مجرم ممکن است به اعدام محکوم شوند.
یک مرد ایرانی ـ کانادایی به نام حمید قاسمی شال در سپتامبر آزاد شد و در اکتبر به تورونتو بازگشت. او و برادرش البرز قاسمی شال در سال ۲۰۰۸ به اتهام جاسوسی و همکاری با سازمان مجاهدین خلق ایران (س. م. خ. ا)، یک گروه سیاسی که در سال ۱۹۸۱ ممنوع شد، به اعدام محکوم شده بودند. حمید قاسمی شال به خاطر دریافت اطلاعات محرمانه نظامی از برادرش که پیش‌تر به عنوان مهندس مکانیک برای ارتش ایران کار کرده بود، محکوم شده بود. این دو تن در جلسه‌های پیاپی دادگاه از تماس با وکیل انتخابی خود محروم شدند و تنها پس از اینکه پرونده به دیوان عالی کشور رفت توانستند از داشتن چنین وکیلی برخوردار باشند. البرز قاسمی شال در سال ۲۰۰۹ در زندان اوین تهران در شرایط ناروشنی درگذشت.
در ماه اکتبر، مردی که به عنوان «علیرضا م» نامیده شد و به خاطر جرایم مواد مخدر محکوم شده بود گویا پس از اعدام به مدت ۱۲ دقیقه در زندان بجنورد در شمال شرقی ایران، زنده ماند. یک پزشک مرگ او را تایید کرده بود، اما روز بعد زمانی که خانواده زندانی برای دریافت جنازه‌اش رفتند او را در حال تنفس یافتند. در روزهای بعد، قضات گفتند که او پس از تایید بازیافتن سلامتی‌اش به وسیله کادر پزشکی دوباره اعدام خواهد شد. اما، در تاریخ ۲۳ اکتبر، آیت الله صادق لاریجانی، رییس قوه قضاییه، گفت که «علیرضا م» می‌تواند از مقام رهبری درخواست عفو کند.
در تاریخ ۲۶ اکتبر، ابراهیم حمیدی، رییس کل دادگستری استان سیستان و بلوچستان، اعلام کرد که در واکنش به حمله یک روز پیش‌تر در نزدیکی مرز پاکستان که طی آن یک گروه مسلح سّنی گویا ۱۴ مرزبان را کشته بود، ۱۶ تن اعدام شده‌اند. اعدام شدگان چند سال پیش به اعدام محکوم شده بودند، نیمی به خاطر اتهام عضویت در یک گروه مسلح در این استان و نیمی دیگر به خاطر جرایم مواد مخدر. هیچ ادعایی مطرح نشد که این عده که در آن زمان در زندان بودند در حمله مرزی شرکت داشته‌اند.
